2026年10月からこう変わった！ インボイス制度の経過措置と実務対応

2026年9月30日を境に、インボイス制度の経過措置は次の段階へ移りました。売り手側では2割特例の終了時期、買い手側では免税事業者などからの仕入れに係る控除割合の変更が重要です。本記事では、2027年以後の3割特例や簡易課税制度への移行も含め、確認したい期限と実務対応を時系列で整理します。

 2026年10月以後の主な変更や経過措置には、2割特例の終了時期、個人事業者を対象とする3割特例、2割・3割特例の後に簡易課税へ移る場合の届出期限の特例があります。買い手側では、免税事業者などからの仕入れに対する控除割合が段階的に引き下げられ、2026年10月以後に始まる課税期間からは取引先ごとの限度額も設けられます。適用時期や対象が異なるため、まずは全体の流れを確認しましょう。

 なお、「3割特例」は一定の個人事業者の納付税額を計算する制度、「30％控除」は買い手側の仕入税額控除に関する措置であり、別の制度です。
 税制改正の全体像は関連記事で紹介しているため、本記事では2026年10月以後の期限と実務対応を中心に解説します。

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 2割特例は、インボイス発行事業者登録を機に免税事業者から課税事業者となった事業者について、消費税の納付税額を売上税額の2割とする措置です。
 2割特例の対象は、2023年10月1日から2026年9月30日までの日が属する課税期間です。最終的には、2026年9月30日が属する課税期間まで利用できます。「9月30日までの取引だけが対象」という意味ではなく、その日が属する課税期間全体が対象です。

課税期間とは…
 消費税額を計算して申告する一区切りの期間です。原則として、個人事業者は1月1日から12月31日まで、法人は事業年度が課税期間になります。届出により1か月または3か月に短縮している場合もあります。

 課税期間を短縮していない個人事業者は、原則として2026年分の申告が最後です。法人は決算期によって終了時期が異なり、課税期間を短縮していない12月決算法人は2026年12月期、3月決算法人は2027年3月期まで利用できます。
 ただし、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるなど、インボイス登録とは別の理由で課税事業者となる課税期間には2割特例を利用できません。これまで利用していた事業者も、最後の課税期間まで要件を満たすかを改めて確認する必要があります。

 2割特例の終了後、一定の個人事業者は3割特例を利用できますが、法人は対象外です。2割特例の終了後もインボイス登録を継続する法人は、3割特例を利用できず、一般課税または簡易課税で申告します。2割特例の終了時期と、簡易課税制度を利用する場合の届出期限を確かめ、利用できる計算方法ごとの納付額を試算したうえで、適用する方法を選びましょう。

 3割特例は、個人事業者である免税事業者がインボイス発行事業者となる場合に、消費税の納付税額を売上税額の3割とする措置です。課税事業者選択届出書の提出によって課税事業者となった人も、ほかの要件を満たせば対象になり得ます。利用できるのは個人事業者の2027年分と2028年分で、法人は対象外です。主な要件は次のとおりです。

・個人事業者である
・インボイス発行事業者として登録している
・基準期間の課税売上高が1,000万円以下である
・特定期間の課税売上高（代わりに給与等支払額で判定することも可能）が1,000万円以下である
・インボイス登録以外の理由で課税事業者となる期間ではない

基準期間・特定期間とは…
 ここでいう個人事業者の基準期間は原則として判定する年の2年前、特定期間は前年の1月1日から6月30日までです。基準期間だけでなく、直近の売上高または給与等支払額によって課税事業者になる場合があります。

 3割特例は、本来は免税事業者となる個人事業者が、インボイス発行事業者登録をした場合に使える制度です。そのため、次のように、インボイス登録以外の理由で課税事業者となる課税期間には利用できません。

・基準期間や特定期間の課税売上高などが1,000万円を超える場合
・高額な資産の取得や金・白金地金の仕入れにより、免税事業者とならない場合
・届出により課税期間を1か月または3か月に短縮している場合
・相続により課税事業者となる場合
・課税期間の初日に国内の恒久的施設を持たない国外事業者である場合

 相続があっても、相続日より前にインボイス登録を受け、ほかの除外要件にも該当しない場合は3割特例を利用できます。相続があれば必ず対象外になるわけではありません。

 3割特例に事前の届出はありません。利用する場合は、消費税の確定申告書に適用を受ける旨を付記します。
 ただし、3割特例が常に有利とは限りません。多額の設備投資がある場合は一般課税で還付を受けられる可能性があり、卸売業や小売業などでは簡易課税のほうが納付税額を抑えられることもあります。利用できる計算方法と届出期限を確認したうえで、事前に税額を比べておきましょう。

 簡易課税制度を利用するには、原則として、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出します。
 また、簡易課税制度には、基準期間の課税売上高が5,000万円以下であることなどの要件があります。届出書を提出すれば、すべての事業者が利用できるわけではありません。

簡易課税制度とは…
 基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が、実際の仕入税額を集計せず、売上税額と業種ごとの「みなし仕入率」を使って納付税額を計算する方法です。利用するには、原則として事前の届出が必要です。

 2割特例または3割特例を適用した課税期間の翌課税期間には、簡易課税制度の届出期限の特例があります。翌課税期間の消費税の確定申告期限までに届出書を提出すれば、その課税期間から簡易課税を利用できます。
 例えば、個人事業者が2028年分に3割特例を利用し、2029年分から簡易課税制度へ移る場合は、2029年分の消費税の確定申告期限までに届出書を提出できます。法人も、2割特例を適用した翌課税期間であれば対象になり得ます。
 2割特例を適用した翌課税期間が2026年9月30日以前に終了する場合、届出期限は申告期限ではなく、その課税期間の末日です。

 簡易課税を選択すると、原則として2年間は継続して適用します。また、多額の設備投資を予定している場合、一般課税なら還付を受けられるケースでも、簡易課税では仕入れに係る消費税額を実額で控除できません。
 一般課税と簡易課税を比べるときは、直近の売上高と経費だけでなく、事業区分、設備投資、課税売上割合、今後2年間の事業計画まで含めて検討します。

課税売上割合とは…
 総売上高に占める課税売上高（輸出取引等の免税売上を含む）の割合です。一般課税で仕入税額控除を計算するときに使います。

 免税事業者など、適格請求書発行事業者でない相手先からの課税仕入れには、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。2026年10月1日から、その割合は80％から70％へ引き下げられました。

 80％と70％のどちらを使うかは、契約日や請求書の発行日、代金の支払日ではなく、原則として課税仕入れを行った日で判断します。
 商品の仕入れでは、通常、商品の引渡しを受けた日が課税仕入れの日です。サービスでは、原則として、契約したサービスの全部が完了した日となります。例えば、2026年9月に契約・前払いをしても、サービスの提供が同年10月に完了した場合は、原則として70％控除です。反対に、商品が同年9月中に引き渡され、請求書の発行や支払いが同年10月になった場合は、原則として80％控除です。

 割合が変わる時期に仕訳を正しく処理するには、会計ソフトの税区分や自動仕訳の設定を確認する必要があります。請求日や支払日を基準に自動処理している場合は、実際の課税仕入れの日とずれないか確認しましょう。
 経過措置を適用するには、適格請求書発行事業者以外の者から受け取った、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等を保存し、帳簿にも経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載します。帳簿の摘要や会計ソフトの税区分を社内で統一すると、入力時の取り違えを防げます。
 なお、簡易課税では実際の仕入税額を使わず、売上税額とみなし仕入率によって納付税額を計算します。そのため、簡易課税を適用している課税期間では、70％への変更は通常、納付税額に直接影響しません。

 経過措置には、インボイス未登録の取引先ごとの控除限度額があります。2024年10月1日から2026年9月30日までに開始する課税期間では、限度額は10億円です。2026年10月1日以後に開始する課税期間では、限度額は1億円です。
 判断の基準は個々の取引日ではなく、課税期間の開始日です。課税期間の途中に2026年10月1日を迎えても、その日から1億円へ切り替わるわけではありません。
 例えば、2026年4月1日から2027年3月31日までを課税期間とする3月決算法人では、その課税期間は2026年10月1日より前に始まっています。したがって、1億円基準が適用されるのは、原則として次の2027年4月1日開始の課税期間からです。
 課税期間を短縮していない個人事業者は、2027年1月1日開始の2027年分から1億円基準の対象です。

 限度額は、すべての免税事業者などとの取引を合算するのではなく、相手先ごとに判定します。判定に用いるのは税込みの課税仕入れの額で、課税期間を短縮している場合も、その年または事業年度の合計額で確認します。
 特定のフリーランスや個人事業者への外注額が大きい企業や、大口の仕入先がインボイス未登録である企業は注意が必要です。取引先の登録状況と年間取引額を一覧にし、1億円を超える可能性がある相手先を洗い出します。

 制度ごとに判断基準が異なります。次の資料をそろえておくと、税額の試算や税理士への相談がスムーズです。

・自分または自社の課税期間
・2割特例を最後に利用できる課税期間
・基準期間と特定期間の課税売上高
・高額な設備投資や資産取得の有無
・3割特例、一般課税、簡易課税による納付額の試算
・簡易課税制度選択届出書の提出期限

・取引先ごとのインボイス登録状況
・2026年9月から10月にまたがる取引の完了日・引渡日
・免税事業者などから受け取る請求書の保存状況
・帳簿や会計ソフトの税区分
・取引先ごとの税込課税仕入額
・1億円基準が適用される課税期間

 2026年10月から、インボイス制度の経過措置は次の段階へ移りました。売り手側は2割特例の最終課税期間とその後の申告方法、買い手側は10月1日以後の課税仕入れと経理処理を確認します。
 2027年以後も、3割特例、簡易課税への移行、控除割合の引き下げが続きます。売り手・買い手の両面で影響を整理し、判断に迷う場合は届出期限前に税理士へ相談しましょう。