公益法人の意義と令和７年制度改革の概要

１．公益法人の役割

(1) １万弱の公益法人が活動

 公益法人とは、特定の事業を通じて、社会全体の利益（＝公益）の増進を図ることを目的として活動する民間の法人を指します。つまり、営利を目的とする株式会社等とは目的が異なります。また、その活動を通じて得た利益等について、税制上の優遇措置を受けられることがあります。

 2023年12月1日時点で、公益法人の総数は9,711法人、職員数は約29万人、公益目的事業費年間約６兆円と報告されています。2025年の最新の法人数は、2025年12月中旬頃に公開される見込みです。

(2) 公益法人の位置づけと設立方法

 公益法人には「公益社団法人」と「公益財団法人」がありますが、公益法人になるためには、まず「一般社団法人」または「一般財団法人」として登記されている法人が、所轄庁に対して認定申請を行い、審査を経て「公益法人」として認定される必要があります。それぞれの違いは次の通りです

■公益法人と一般法人の比較表

 上記の通り、一般法人は設立も容易で運営の自由度も高いといえます。その一方、公益法人はその公益性を審査され、運営についても情報公開義務があるなど一定の制限が設けられています。
 一般法人から公益法人への移行の流れは次のとおりです。

■公益法人設立までの流れ

(3) NPO法人との違い

 公益法人（公益社団法人・公益財団法人）とNPO法人（特定非営利活動法人）は、どちらも非営利法人であり、公共の利益を目的とした活動を行うという点では共通しています。その一方、根拠法や所管、税制優遇の仕組みなどに違いがあります。

出典：内閣府「公益法人制度とNPO法人制度の比較について」

２．令和７年施行公益法人制度改革の概要

(1) 制度改革の趣旨・目的

 前述のとおり、公益法人は民間における公益の担い手として位置づけられていますが、これまでの財務規律や行政手続の仕組みでは、公益法人がその力を発揮しづらいという問題が指摘されていました。
 令和７年施行公益法人制度改革は、こうした問題を解消するため、①財務規律等を見直し、法人の経営判断で社会課題への機動的な取り組みを可能とすること、②法人自らの透明性向上やガバナンス充実に向けた取り組みを促し、国民からの信頼を確保すること、を通じて、民間の公益活動の一層の活性化を目指したものといえます。
 令和7年（2025年）4月1日より施行された公益法人制度改革は、「財務規律の柔軟化・明確化」、「行政手続の簡素化」、「ガバナンスの強化と透明性の向上」を三本柱としています。
 詳細は次のとおりです。

(2) 財務規律の柔軟化・明確化

①「収支相償」から「中期的な収支均衡」へ

 そもそも公益法人は営利を目的とした法人ではありませんが、公益に資する事業活動を行った結果、黒字が出てしまうことがあります。そのため従来の制度では、ある年に黒字が出た場合、その黒字を２年間で解消する（赤字にする）必要がありました。これを「収支相償」といいます。従来の制度では過去の赤字が考慮されず、公益法人の財務に悪影響を及ぼすことがありました。
 そこで、令和７年公益法人制度改正では、黒字が出た場合に５年間で解消すればよいこととなり、さらに過去４年間の赤字も繰り越せるようになりました（中期的収支均衡）。また、「公益充実資金」（②参照）の積立てができるようになりました。

②公益充実資金の創設

 公益目的事業に係る「特定費用準備資金」と「資産取得資金」が統合され、「公益充実資金」となりました。これにより、将来の公益目的事業の発展・拡充のため、状況変化に応じて柔軟に公益的事業に資金を活用できるようになりました。
 ただし、収益事業等会計および法人会計における特定費用準備資金と資産取得資金は存続しています。各資金の関係や次の表の通りです。

■新制度と旧制度における資金使途の違い

③不測の事態に備える「予備財産」の保有が可能に

 従来、公益目的事業に使用されておらず、将来的にも使用予定のない財産を「遊休財産」と呼んでいましたが、これが「使途不特定財産」と名称が変更されました。旧制度では、遊休財産の保有上限は当該事業年度の公益目的事業費相当額（１年分）とされていましたが、新制度では、原則として過去5年間の公益目的事業費相当額の平均額となりました。同時に、災害等に備えるための予備財産は保有制限の対象外となりました。

(3) 行政手続の簡素化・合理化

 従来、公益法人は事業を行う都道府県の区域や公益目的事業の種類・内容等に変更があった場合、変更認定申請を提出しなければなりませんでした。今回の改正では、公益法人の判断基準の明確化、申請書記載事項の明確化、変更認定事項の届出化を一体的に進めるとの考えで検討が進められ、見直しが行われました。
 詳細は次の通りです。

・令和6年改正認定法により、収益事業等の内容の変更については、届出事項とする
・令和6年の認定法施行規則改正により、公益目的事業の軽微な変更とするものの一部改正など、類型的に公益目的事業該当性に実質的に影響を与えないと判断されるものは、軽微な変更に含まれることとする
・ガイドラインにおいて公益目的事業該当性の判断基準及び申請書記載事項を明確にする

 また、次のような場合には、変更認定が必要であるとされました。
・公益目的事業の実施区域又は事務所の所在場所の変更であって、行政庁の変更を伴うもの
・公益目的事業の種類又は内容の変更であって、次に該当しないもの
 ア：事業の一部廃止
 イ：事業の統合、再編、承継その他の変更であって当該変更後の事業が引き続き公益目的事業に該当することが明らかであるものとして、内閣総理大臣が定めるもの
 ウ：ア・イのほか申請書記載事項（最新のもの）の変更（字句の訂正その他の公益目的事業の内容に実質的な影響を与えないことが明らかなものを除く）を伴わないもの

 こうした簡素化・合理化により、公益法人のより迅速な事業展開が可能になりました。

(4) 自律的ガバナンスの充実、透明性向上

 公益法人がより信頼されるための仕組みとして、公益法人が自ら適切なガバナンスを確保するための仕組みの強化と、公益法人の情報開示が強化されました。これにより、公益法人の透明性が向上すると考えられます。

■自律的ガバナンスの充実・透明性の向上の全体像

①三区分経理の原則化

 従来、公益法人は必ずしも公益目的事業会計が区分されておらず、公益目的事業財産が明確になっていないといった問題点がありました。そこで、公益目的事業財産を可視化し、財務情報の透明性を向上するため、公益目的事業、収益事業等、法人運営の3つの区分で経理を行い、それぞれの財務状況を明確にすることが義務づけられました。
 そのポイントは次の通りです。

・会計帳簿の区分整備
三区分それぞれに収入・支出、資産・負債・純資産を明確に分けた帳簿を用意します。例えば同一の人件費であっても、配分基準（勤務時間比率等）に基づき適切に按分するといった処理です。
・予算・決算の区分
年度初めの予算編成、年度末の決算報告も経理区分ごとに作成・公開します。公益目的事業会計については、使途不特定財産（旧・遊休財産）の制限との関連で重要視されます。
・共通経費の配賦
実務では、法人全体の運営費を各区分にどう分配するかが重要です。例えば、総務部門などの費用は、適正な配賦基準を事前に決めておく必要があります。

 なお、公益目的事業以外の事業（収益事業等）がない法人は、貸借対照表、活動計算書の区分経理は不要であり、会計区分内訳の中期を作成する必要はありません。ただし、複数の公益目的事業を行っている法人は、活動計算書について各公益目的事業に区分経理して、事業区分別の注記を作成する必要があります。

②外部理事・監事

 新制度では、公益法人は、理事のうち1人以上を外部理事、監事のうち1人以上を外部監事にしなければならなくなりました。ただし、外部理事については、一定の規模に達しない法人は適用除外となります。令和７年４月１日施行公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（認定法）の立法当初はこうした規定がありませんでしたが、一部の法人において、理事による公益法人の私物化や内輪のみの法人運営が行われ、法人の機関が健全に機能しない例が見受けられたこと等を踏まえ、会社法における社外取締役等も参考に、公益認定基準として追加されました。
 詳細は下表の通りです。

■外部理事・外部監事の要件

■外部理事、外部監事を設置しなくてよい法人の範囲

なお、一定規模以上の法人に対して、会計監査人の設置が義務づけられています。

③情報開示の拡充

 令和７年公益法人制度改革では、公益法人の透明性の向上という面から「情報開示」が大幅に強化されました。概要は次の通りです。

■情報開示対象となる書類等の一例

３．まとめ

 今回の公益法人制度改革では、公益法人がより柔軟・迅速な公益的活動を展開していくことが可能となるよう、法人の自主的・自律的な経営判断が尊重されるとともに、国民からの信頼を得られる存在となるような改正が行われました。
 その一方で、制度改正によってより専門性が高まり、公益法人の実務担当者にとって、会計処理や行政手続等の難易度が増したとも考えられます。こうした制度改正に適切に対応するためには、公益法人の実務に詳しい専門家の支援を受けることも重要です。
 例えば、TKC全国会公益法人経営研究会（公益法人の会計・税務に精通した約1000名の税理士・公認会計士）では、全国約3700の公益法人等の経営を支援しています。制度に対して疑問点等があれば、こうした専門家へ相談することも検討しましょう。

【参考資料】

・内閣府「公益法人制度とNPO法人制度の比較について」
・『Q&A　公益法人の運営実務と行政庁への対応』（TKC出版、2025）
・『Q&A　「令和６年会計基準」のポイントと実務』（TKC出版、2025）

記事提供

株式会社ＴＫＣ出版

 １万名超の税理士および公認会計士が組織するわが国最大級の職業会計人集団であるＴＫＣ全国会と、そこに加盟するＴＫＣ会員事務所をシステム開発や導入支援で支える株式会社ＴＫＣ等によるＴＫＣグループの出版社です。
 税理士の４大業務（税務・会計・保証・経営助言）の完遂を支援するため、月刊誌や映像、デジタル・コンテンツ等を制作・提供しています。